보세공장에서 원료과세 신청한 원료의 원산지증명서가 없어 부득이하게 기본세율로 사용신고했어요. 나중에 해당 원료의 원산지증명서를 확보했는데, 제조된 제품 수입 시 이 원산지증명서를 첨부하면 FTA 협정세율로 관세 감면을 받을 수 있나요? 공개

보세공장에서 원료과세를 신청한 원료에 대한 문의 감사합니다. 해당 원료에 대해 사용신고 시 원산지증명서를 구비하지 못해 부득이하게 기본세율로 신고한 후, 추후 원산지증명서를 확보하여 제조된 제품 수입 시 FTA 협정세율을 적용받고자 하는 상황에 대해 명확히 설명해 드리겠습니다.

결론부터 말씀드리자면, 원료과세로 사용신고 시 기본세율을 적용하였다면, 추후 해당 원료의 원산지증명서를 확보하더라도 제조된 제품 수입 시 FTA 협정세율을 적용받는 것은 불가능합니다. 이는 보세공장 원료과세 제도의 특성과 FTA 협정세율 적용의 원칙에 기인합니다.

먼저, 보세공장 원료과세 제도에 대해 이해할 필요가 있습니다. 관세법 제189조에 따라, 보세공장에서 외국물품인 원료를 사용하여 제품을 제조하는 경우, 일반적으로는 최종 제품이 국내로 반입될 때 제품의 성질과 수량에 따라 관세를 부과하는 '제품과세'가 원칙입니다. 그러나 기업의 편의와 관세 부담의 예측 가능성을 높이기 위해, 미리 신청하는 경우 원료를 공장에 '사용신고'할 때의 그 원료의 성질 및 수량에 따라 관세를 부과하는 '원료과세'를 선택할 수 있습니다. 이 원료과세를 선택하게 되면, 관세 부과의 기준 시점이 제품 수입 시가 아닌 원료 사용신고 시점으로 고정됩니다. 즉, 원료에 대한 관세율, 품목분류(HS Code) 및 원산지가 사용신고 시점에 확정되는 것입니다.

FTA 협정세율 적용에 있어서도 이 원칙은 동일하게 적용됩니다. 원료과세를 신청한 물품에 대하여 FTA 협정세율을 적용받기 위해서는 원료의 '사용신고' 시점에 해당 원료의 원산지를 명확히 하고 원산지증명서를 구비하여 협정관세 적용을 신청해야 합니다. 사용신고서 상에 원산지증명서 구비 여부(Y)를 표기하고 FTA 관세율을 기재함으로써 해당 원료에 대한 FTA 협정세율 적용 의사를 명확히 해야 합니다. 이후 제조된 제품을 수입신고할 때는, 이전에 제출했던 사용신고서와 그에 첨부된 원료의 원산지증명서를 함께 제출하여 협정관세적용신청을 완료하게 됩니다.

질문자님의 경우, 사용신고 시점에서 원산지증명서가 없어 부득이하게 기본세율로 원료를 신고하셨습니다. 이는 원료 사용신고 시점에 해당 원료에 대한 관세율이 기본세율로 확정되었다는 의미입니다. 일단 기본세율로 확정된 원료에 대해서는 추후 원산지증명서를 확보하더라도 소급하여 FTA 협정세율을 적용할 수 없습니다. 관세법상 사후적용 제도(Post-application)가 있기는 하지만, 이는 일반적으로 수입신고 시점에 FTA 적용을 신청했으나 서류 미비 등으로 인해 잠정적으로 기본세율을 적용받은 경우에 해당하며, 원료과세에서 사용신고 시점에 이미 비협정세율로 확정된 경우와는 그 성격이 다릅니다.

따라서, 보세공장 원료과세 제도를 활용하여 FTA 협정세율의 혜택을 받고자 한다면, 원료의 사용신고 시점 이전에 해당 원료에 대한 원산지증명서를 반드시 확보하는 것이 중요합니다. 원산지증명서 발급에 소요되는 시간을 고려하여 충분히 여유를 두고 공급자와 협의하거나, 필요한 경우 잠정적으로 일반세율로 사용신고 후 일정 기간 내에 원산지증명서를 제출하여 협정세율을 적용받는 절차(이는 특정 FTA 협정 및 국내 법규에서 허용하는 경우에 한함)를 고려해야 합니다. 하지만 원료과세의 경우, 원칙적으로 사용신고 시점에서 관세율이 확정되므로 이 부분에 대한 철저한 사전 준비가 필수적입니다.

이러한 상황은 관세 행정의 예측 가능성과 안정성을 도모하기 위한 것이므로, 원료과세 제도를 활용하실 때에는 이 점을 유념하시어 원산지증명서 확보 시기에 대한 면밀한 계획을 세우시는 것이 바람직합니다.