말레이시아에서 수입 관세는 대부분 종가세를 부과하나, 많은 품목에 대해 종량세를 부과하기도 한다.
그러나 무역 자유화에 맞추어 현재 다양한 종류의 원자재, 부품과 기계류에 대해 수입 관세를 철폐, 인하 또는 면제하고 있다.
전통적으로 저관세 정책을 견지하여 기계류는 거의 무관세이고 기타 공산품도 저관세율을 적용하였으나 최근 국내 제조업계를 보호하기 위해 일부 품목에 대해 고관세율을 적용하고 있다.
아세안 내 국가와의 자유무역협정(AFTA: ASEAN Free Trade Area)에 따라 역내 특혜관세가 진전되어 역내 협력이 강화되었으며, 2020년 11월 RCEP(역내포괄적경제동반자협정)에 서명하여 발효 예상시기인 2022년 이후 일부 부문에서 추가적인 특혜 관세를 기대할 수 있다.
상품코드 분류 방식은 HS CODE를 채택(2017년에 세부단위를 9단위에서 10단위로 변경)하고 있다.
수입 관세율은 2~300% 범위에서 일반적으로 종가세를 기준으로 한다.
전통적으로 저관세 정책을 채택하고 있어 35% 이상의 관세가 부과되는 품목은 소수이다.
정부는 사치품 및 국내 산업을 보호하기 위한 품목을 제외하고는 관세율을 지속해서 인하하고 있다.
원자재 및 부품 수입 시 기본적으로 5%의 관세율이 적용되나 무관세 제품을 생산하기 위한 원자재 및 부품의 수입, 제조 공정상 직접 투입되고 자국 내에서 생산되지 않는 기계 또는 설비의 수입, 공장 건설 또는 시설 확충을 위한 기계 및 플랜트 도입의 경우에는 수입 관세가 완전히 면제된다.
이와는 대조적으로 자국 산업을 보호하기 위한 수입제한 정책의 일환으로 다양한 관세 무역 장벽을 실시하고 있다.
섬유류 및 플라스틱 제품에 20~30%의 높은 관세를 부과하고 있으며, 준 관세 성격의 판매세 및 소비세 부과하고 있다.
한편 말레이시아에서 자동차 가격이 여타 동남아 국가에 비해 높은 이유는 관세율이 높은 측면도 있으나 소비세가 높은데 더 큰 원인이 있다.
승용차의 경우 75~105%의 소비세가, 4륜 구동차량의 경우 60~105%의 소비세가 부과된다.
HS 8703(승용차)의 경우 자유무역협정(FTA: Free Trade Agreement)이 없을 때는 10~30%의 관세가 부과된다.
우리나라는 한-아세안 FTA에 의거 HS 8703(승용차)의 관세는 0%가 적용된다.
나아가 말레이시아는 동남아시아 국가연합(ASEAN: Association of South-East Asian Nations) 역내에서 거래되는 모든 공산품에 대해 0~5%의 수입관세율을 적용하는 아세안 공동유효특혜관세(CEPT: Common Effective Preferential Tariffs) 제도를 준수하고 있다.
말레이시아는 지속적으로 상품교역, 원산지 규정 및 투자 분야에서 FTA 체결을 위한 협상에 참여하고 있다.
현재까지 말레이시아는 일본, 파키스탄, 뉴질랜드 및 인도와 양자 간 FTA를 체결했고, 중국, 일본, 한국, 호주/뉴질랜드 및 인도와는 아세안 산하국가로서 지역 FTA를 체결하였다.
FTA 당사국들 간의 수입관세는 이 협정들에 정한 구체적인 관세 인하 및 철폐 일정에 따른다.
관세 항소법원(CAT: Customs Appeal Tribunal)은 1967년 관세법, 1972년 판매세법, 1975년 서비스세법 및 1976년 국내소비세법에 정한 사항에 관한 관세청장의 판정에 불복하여 제기된 재심 청구에 대해 심리하기 위해 설치된 독립기구이다.
또한 관세청 판정은 상기의 관세법, 판매세법, 서비스세법 및 국내소비세법에 의거해 기업부문의 사업 활동 계획에 확실성과 예측 가능성을 부여하기 위해 도입되었다.
관세청이 내린 판정에 신청인이 동의한 경우 당해 판정은 일정 기간 신청인에게 법적 구속력을 가진다.
관세청 판정의 주요 특징은 다음과 같다.
ㅇ 상품의 품목 분류, 관세 부과대상 서비스 여부 판정 및 상품과 서비스의 가액결정 원칙에 관해 관세청 판정 신청 가능
ㅇ 판정 신청 시 충분한 사실 자료와 소정의 수수료를 첨부한 서면 제출 필요
ㅇ 상품 수입 또는 서비스 제공 전에 관세청 판정을 신청하여 판정을 받을 수 있음